保健食品的使用方式，一般在包装上都会注明要天天吃，但所有的学者专家们都认同，最好的营养素是来自于天然食物，甚至有专家认为，人类根本不需要额外补充保健食品。
台湾新光医院家医科主治医师柳朋驰指出，对于想要补充营养素的民众来说，“有需要时再吃”是最折衷的办法，并不需要天天依照指示剂量服用，如果今天体力较虚弱或饮食不均衡，这个时候补充保健食品，或许是身体的及时雨；但假如平常就已经饮食正常，还天天吃保健食品，反而可能摄取过多营养素，造成身体负担。
但是，如果使用保健食品的目的在于“治疗”，则应与医师讨论是否该每日服用，如此才有疗效与维持性。一般会想要透过吃保健食品来治疗的人，不外乎就是期待包装上所标榜的效果，但买保健食品回家后，可别以为吃个1、2天，就可以像服用处方药一样药到病除，立即见效。
柳朋驰说明，因为保健食品不是药品，因此想看到效果就千万不能心急，它是需要循序渐进的，透过固定的补充，慢慢在体内累积到一定的剂量，才能达到功效。因此，三天打鱼五天晒网的补充方式，是吃不出效果的。
另一方面，若是强调治疗性的保健食品，通常要达到所标榜的效果，就必须依照包装上的使用方式，定时定量连续至少3个月以上的时间才看得出来。不过，部分特殊营养品有特别的使用方式则不在此限。
要提醒民众注意的是，许多保健食品一旦开封，最好要在半年内食用完毕，否则会影响品质与效能，变质的保健食品吃下肚，坏处恐怕比好处还多。
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